Aix-Marseille-Provence Métropole assure l’assainissement individuelle ou collectif des eaux potables. Après leur utilisation, les eaux usées vont directement dans les égouts et sont acheminées vers les stations d’épuration. Le traitement des eaux de Marseille permet d’obtenir des performances de rejet très satisfaisantes et entraînent peu de nuisances olfactives.
Depuis la fin du XIXe siècle, l’anse de Cortiou est le réceptacle des égouts de Marseille. Aujourd’hui des études sont réalisées pour créer un émissaire en mer afin d’assurer un rejet plus sécurisé pour l’environnement terrestre et marin, tenant compte des contraintes sanitaires, écologiques, paysagères, techniques et financières.